Feidhmíocht ceithre thástáil aimplithe aigéid núicléasaigh chun SARS-COV-2 a aithint san Aetóip

Go raibh maith agat as cuairt a thabhairt ar Nature.com. Tá leagan brabhsálaí á úsáid agat le tacaíocht teoranta CSS. Chun an taithí is fearr a fháil, molaimid duit úsáid a bhaint as brabhsálaí nuashonraithe (nó modh comhoiriúnachta a dhíchumasú i Internet Explorer). Ina theannta sin, chun tacaíocht leanúnach a chinntiú, taispeánann muid an suíomh gan stíleanna agus JavaScript.
Taispeánann sé timpeallán de thrí shleamhnán ag an am céanna. Bain úsáid as na cnaipí roimhe seo agus na cnaipí eile chun bogadh trí thrí shleamhnán ag an am, nó bain úsáid as na cnaipí sleamhnáin ag an deireadh chun bogadh trí thrí shleamhnán ag an am.
Ón ráig ghalar corónach 2019 (COVID-19) 2019, forbraíodh go leor tástálacha aimplithe aigéid núicléasaigh (NAATanna) ar fud an domhain agus tá siad ina dtástálacha caighdeánacha. Cé gur forbraíodh roinnt tástálacha go tapa agus gur cuireadh i bhfeidhm iad ar thástálacha diagnóiseacha saotharlainne, ní dhearnadh meastóireacht ar fheidhmíocht na dtrialacha seo i suíomhanna éagsúla. Dá bhrí sin, bhí sé mar aidhm ag an staidéar seo measúnú a dhéanamh ar fheidhmíocht na dtástálacha biteicneolaíochta Abbott SARS-CoV-2, Daan Gene, BGI, agus sansure ag baint úsáide as an gcaighdeán tagartha ilchodach (CRS). Rinneadh an staidéar ag Institiúid Sláinte Poiblí na hAetóipe (EPHI) ó 1 go 30 Nollaig 2020. As 164 eiseamal, bhí 59.1% dearfach agus bhí 40.9% diúltach do CRS. Bhí an dearfacht biteicneolaíochta sansure íseal go mór i gcomparáid le CRS (P <0.05). Bhí an dearfacht biteicneolaíochta sansure íseal go mór i gcomparáid le CRS (P <0.05). Положителье реззльлтаты sansure biotech ызитительно нже п с с с Bhí torthaí dearfacha Sansure Biotech i bhfad níos ísle i gcomparáid le CRS (P <0.05).与 CRS 相比, Sansure Biotech 的阳性率显着较低 （P <0.05）。与 CRS 相比, Sansure Biotech 的阳性率显着较低 （P <0.05）。 Is é atá i gceist le biotech sansure ыначительно менше положительных р р ь с с с 0,05). Bhí i bhfad níos lú torthaí dearfacha ag Sansure Biotech i gcomparáid le CRS (P <0.05).Ba é comhaontú foriomlán na gceithre anailís ná 96.3–100% i gcomparáid le CRS. Chomh maith leis an ráta íseal dearfaithe den mheasúnacht biteicneolaíochta sansure, bhí feidhmíocht na gceithre thástáil beagnach inchomparáide. Dá bhrí sin, éilíonn an measúnacht sansure biotech [taighde amháin (RUO)] bailíochtú breise ar a úsáid san Aetóip. Ar deireadh, ba cheart taighde breise a mheas chun measúnachtaí a mheas le héilimh chuí an déantóra.
Tá tástáil saotharlainne mar chuid de phlean straitéiseach na hEagraíochta Sláinte Domhanda (WHO) do ghalar corónach 2019 (COVID-19) ullmhacht agus freagairt (SPRP). A thugann comhairle go gcaithfidh tíortha cumas saotharlainne a thógáil chun ullmhacht, bainistíocht cásanna cuí, aireachas agus freagairt thapa ar dhúshláin sláinte poiblí a fheabhsú. Tugann sé seo le tuiscint go bhfuil ról na saotharlainne ríthábhachtach chun galar agus eipidéimeolaíocht na ngníomhairí tógálacha atá ag teacht chun cinn a thréithriú agus a scaipeadh a rialú.
Éilíonn diagnóis COVID-19 faisnéis eipidéimeolaíoch agus leighis, comharthaí/comharthaí pearsanta, agus sonraí radagrafaíochta agus saotharlainne2. Ós rud é gur tuairiscíodh an ráig COVID-19 i Wuhan, an tSín, forbraíodh go leor tástálacha aimplithe aigéid núicléasaigh (NAATanna) ar fud an domhain. Baineadh úsáid as imoibriú slabhrúil polaiméaráise aisiompaithe fíor-ama (RRT-PCR) mar mhodh gnáthaimh agus caighdeánach chun diagnóis saotharlainne a dhéanamh ar ionfhabhtú géarmhíochaine riospráide 2 (SARS-COV-2) 3. Is iondúil go mbíonn braite móilíneach SARS-COV-2 bunaithe ar an N (géine próitéine núicléitithe), E (géine próitéine clúdaigh), agus géinte RDRP (géine polaiméaráise RNA-spleách) in ORF1A/B (fráma léitheoireachta oscailte 1A/B). géine) réigiún a aithníodh ón ngéanóm víreasach. Meastar gurb iad na príomh -réigiúin chaomhnaithe a fhaightear i ngéanóim víreasacha le haghaidh aitheantas víreas4. I measc na ngéinte seo, tá íogaireacht braite anailíseach ard ag na géinte RDRP agus E, agus tá íogaireacht íseal anailíseach ag an ngéin N.
D'fhéadfadh feidhmíocht thástálacha PCR a bheith éagsúil ag brath ar fhachtóirí éagsúla amhail: imoibrithe eastósctha, imoibrithe aimplithe/braite, modh eastósctha, cáilíocht an mheaisín PCR agus ionstraimí eile. Amhail Aibreán 2020, tá údarú úsáide éigeandála (EUA) faighte ag níos mó ná 48 feiste dhiagnóiseach éagsúla ó naoi dtír do dhiagnóisic COVID-196. San Aetóip, úsáidtear níos mó ná 14 ardán PCR fíor-ama chun SARS-COV-2 a bhrath ag 26 institiúid sláinte poiblí, lena n-áirítear ABI 7500, Abbott M2000, Roche 48000 agus Quant-studio7. Ina theannta sin, tá trealamh tástála PCR éagsúla ar fáil, mar shampla tástáil géine Daan, tástáil Abbott SARS-COV-2, tástáil biteicneolaíochta sansure, agus tástáil BGI SARS-COV-2. Cé go bhfuil RRT-PCR an-íogair, tuairiscíonn roinnt othar a bhfuil COVID-19 acu torthaí diúltacha bréagacha mar gheall ar chóipeanna neamhleor d'aigéad ribonucleic víreasach (RNA) i samplaí mar gheall ar bhailiú míchuí, iompar, stóráil agus láimhseáil, agus tástáil saotharlainne. Coinníollacha agus gníomhartha pearsanra8. Ina theannta sin, is féidir go dtiocfadh torthaí dearfacha bréagacha i dtástálacha RRT-PCR9 mar thoradh ar láimhsiú nó rialaithe, ar thairseach rothaíochta (CT), agus ar thras-imoibríocht le haigéid núicléasacha phataigineacha eile nó le SARS-COV-2 RNA. Dá bhrí sin, is léir gur féidir le tástálacha PCR iompróirí blúirí géine a aithint, mar ní féidir leo idirdhealú a dhéanamh idir géinte víreasacha atá fíor -ghníomhach, mar sin ní féidir leis na tástálacha ach iompróirí agus ní othair a aithint. Dá bhrí sin, tá sé tábhachtach measúnú a dhéanamh ar fheidhmíocht dhiagnóiseach ag baint úsáide as modhanna caighdeánacha inár suíomh. Cé go bhfuil go leor imoibrithe NAAT ar fáil ag Institiúid Sláinte Poiblí na hAetóipe (EPHI) agus ar fud na tíre, níor tuairiscíodh aon mheastóireacht chomparáideach ar a n -éifeachtúlacht fós. Dá bhrí sin, bhí sé mar aidhm ag an staidéar seo measúnú a dhéanamh ar fheidhmíocht chomparáideach trealamh atá ar fáil ar bhonn tráchtála chun SARS-COV-2 a bhrath ag RRT-PCR ag baint úsáide as eiseamail chliniciúla.
Cuireadh 164 rannpháirtí san iomlán le COVID-19 amhrasta san áireamh sa staidéar seo. Bhí formhór na samplaí ó ionaid chóireála (118/164 = 72%), agus bhí na 46 rannpháirtí eile (28%) ó ionaid neamhchóireála. I measc na rannpháirtithe nár caitheadh ​​leo san ionad, bhí cásanna a raibh amhras cliniciúil orthu i 15 (9.1%) agus bhí teagmhálacha ag 31 (18.9%) i gcásanna deimhnithe. Bhí nócha a trí (56.7%) rannpháirtí fireann, agus ba é aois (± SD) na rannpháirtithe ná 31.10 (± 11.82) bliain.
Sa staidéar seo, socraíodh rátaí dearfacha agus diúltacha de cheithre thástáil do COVID-19. Dá bhrí sin, ba iad na rátaí dearfacha de mheasúnacht Abbott SARS-CoV-2, measúnacht Daan Gene 2019-NCOV, measúnacht BGI SARS-COV-2, agus measúnacht sansure Biotech 2019-NCOV ná 59.1%, 58.5%, 57.9% agus 55.5% faoi seach. Ba iad na scóir chaighdeáin thagartha ilchodacha dearfacha agus dhiúltacha (CRS) ná ​​97 (59.1%) agus 67 (40.9%), faoi seach (Tábla 1). Sa staidéar seo, bhí an sainmhíniú ar CRS bunaithe ar an riail “aon dearfach”, trína measadh go raibh dhá thorthaí tástála nó níos mó a thug an toradh céanna fíor -dhearfach nó diúltach.
Sa staidéar seo, fuaireamar comhaontú céatadáin diúltach (NPA) de 100% (95% CI 94.6–100) do gach anailís i gcomparáid le CRS. Léirigh an anailís bhiteicneolaíochta sansure PPA íosta de 93.8% (95% CI 87.2-97.1) agus bhí comhaontú foriomlán de 99.4% (95% CI 96.6-99.9) ag anailís Gene 2019-NCOV. I gcodarsnacht leis sin, ba é 98.8% agus 96.3%, faoi seach (Tábla 2) an comhaontú foriomlán idir measúnacht BGI SARS-COV-2 agus measúnacht Sansure Biotech 2019-NCOV.
Bhí comhéifeacht chomhaontaithe Kappa Cohen idir CRS agus Abbott SARS-COV-2 torthaí measúnachta go hiomlán comhsheasmhach (k = 1.00). Ar an gcaoi chéanna, tá luachanna Kappa Cohen a bhrath Daan Gene 2019-NCOV, SARS-COV-2 BGI, agus Sanure Biotech 2019-NCOV ag teacht go hiomlán le CRS (K ≥ 0.925). San anailís chomparáideach seo, léirigh an tástáil chi-cearnach (tástáil McNemar) go raibh torthaí measúnachta Sansure Biotech 2019-NCOV difriúil go mór le torthaí CRS (p = 0.031) (Tábla 2).
Mar a thaispeántar i bhFíor.1 Ba é an céatadán den luach CT is ísle (<20 ct) de mheasúnacht Abbott SARS-COV-2 (comhcheangailte RDRP agus Géine N) ná 87.6% agus Luach CT ORF1A/B de mheasúnacht Biotech Biotech 2019-NCOV Léirigh an céatadán de luach CT íseal (<20 CT) go raibh an luach ard CT (36-40 CT) 3.2%. 1 Ba é an céatadán den luach CT is ísle (<20 ct) de mheasúnacht Abbott SARS-COV-2 (comhcheangailte RDRP agus Géine N) ná 87.6% agus Luach CT ORF1A/B de mheasúnacht Biotech Biotech 2019-NCOV Léirigh an céatadán de luach CT íseal (<20 CT) go raibh an luach ard CT (36-40 CT) 3.2%.Mar a thaispeántar i bhFíor.1. Orf1a/b анализа Sansure Biotech 2019-Ncov показало ччо процент низент нначения (<20 Ct) соенлял 50,3%, а ыыококoilight ззеID з з з з з з з составляло 3,2%. 1, Ba é an céatadán den anailís luach CT is ísle (<20 CT) ar Abbott SARS-COV-2 (géine comhcheangailte agus N) ná 87.6%, agus léirigh luach CT ORF1A/B Gene Anailís ar Sanure Biotech 2019-NCOV go raibh céatadán íseal CT (<20 CT) Cund Ct) i gcuntas 50.3%, agus go raibh CT 26-40 i gcuntas CT) i gcuntas i gcuntas CT).如图1 所示，Abbott SARS-CoV-2 检测（结合RdRp 和N 基因）的最低Ct 值百分比（< 20 Ct）为87.6%，Sansure Biotech 2019-nCoV 检测的ORF1a/b 基因Ct 值显示低Ct 值(< 20 Ct) 的百分比为50.3%，高Ct 值(36–40 Ct) 的百分比为3.2%。 Mar a thaispeántar i bhFigiúr 1, is é an céatadán luach CT is ísle (<20 ct) de thástáil Abbott SARS-COV-2 (teaglaim de ghéin RDRP agus N) ná 87.6%, léiríonn an luach géine ORF1A/B de thástáil Biotech 2019-NCOV CT (<20 CT) 的 的 的 的 的 值 值 值 值 的 的 的 的 的 的 的 的 的 的 的 的 的 的 的 的 的 的 的 的 的 的 的 的 的 的 的 的 的 的 的 的 的 的 的 的 的 的 的 的 的 的 的 的 的 的 的 的 的 的 的 的 的 的 的 的 的 的 的 的 的 的 的 的 的 的 的 的 的 的 的 的 的 的 的 的 的 的 的 的 的 的 的 的 的 的 it 的 值 Как показано н р р р р и и и и м м м м м 87,6%, agus значение ct гена orf1a/b и следованиии sansure Biotech 2019- ананализ Ncov показал низкий Ct. Mar a thaispeántar i bhFigiúr 1, bhí an luach céatadáin CT (<20 ct) ag 87.6%ag measúnacht Abbott SARS-COV-2 (ag comhcheangal na ngéinte RDRP agus N), agus léirigh luach CT an ghéin ORF1A/B i staidéar Biotech 2019 Sansure-Léirigh an anailís ar NCOV CT íseal. Процент значений (<20 ct) составил 50,3%, agus а р ц ц ы ы Ba é céatadán na luachanna (<20 ct) ná 50.3%, agus ba é an céatadán de luachanna ard CT (36-40 ct) ná 3.2%.Taifeadadh an tástáil Abbott SARS-CoV-2 B luachanna CT os cionn 30. Ar an láimh eile, ar an measúnacht BGI SARS-COV-2 bhí céatadán ardluach CT (> 36 ct) ag géine ORF1A/B. Bhí 4% (Fíor 1). Ar an láimh eile, ar an measúnacht BGI SARS-COV-2 bhí céatadán ardluach CT (> 36 ct) ag géine ORF1A/B. Bhí 4% (Fíor 1). С другей стороны, в анлизе bgi sas-cov-2 ген orf1a/b и и ыыыокое значение cl (> 36 CT), прент к р р р р Ar an láimh eile, san anailís ar BGI SARS-COV-2 bhí luach ard CT ag Gene ORF1A/B (> 36 ct), agus ba é 4% an céatadán (Fíor 1).另一方面, 在 BGI SARS-COV-2 检测中, ORF1A/B 基因具有高 CT 值 （> 36 CT） 的百分比为 4%（图 1）。。 Ar an láimh eile, i mbrath BGI SARS-COV-2, is é an céatadán de ghéin ORF1A/B le luach ard CT (> 36 ct) ná 4% (Figiúr 1). С другей стороны, в анализе bgi sas-cov-2 процент гначенов orf1a/b с ыысокимиás значениилealaigh (> 36 CT) с) с). Ar an láimh eile, san anailís BGI SARS-COV-2, ba é céatadán na ngéinte ORF1A/B le luachanna ard CT (> 36 ct) ná 4% (Fíor 1).
Sa staidéar seo, thógamar 164 sampla nasopharyngeal. I gcás gach cineál measúnachta, rinneadh aonrú agus aimpliú RNA ag baint úsáide as na modhanna agus na trealamh a mhol na monaróirí faoi seach.
Léirigh an staidéar seo go bhfuil an fheidhmíocht braite chéanna ag tástáil Abbott do SARS-COV-2 le CRS, le 100% dearfach, diúltach agus foriomlán. Is é comhaontú Kappa Cohen ná 1.00, ag léiriú comhaontú iomlán le CRS. Fuair ​​staidéar comhchosúil ag Ollscoil Washington sna Stáit Aontaithe amach gurbh é íogaireacht agus sainiúlacht fhoriomlán na tástála Abbott do SARS-COV-2 ná 93% agus 100%, faoi seach, i gcomparáid le measúnacht shaotharlainne (LDA) an CDC. 11. Tá an córas braite Abbott SARS-COV-2 bunaithe ar bhrath comhuaineach na ngéinte N agus RDRP, mar go bhfuil an dá ghé níos íogaire, ag íoslaghdú claonchlónna bréagacha12. Léirigh staidéar i Vín, an Ostair freisin gur laghdaíodh éifeachtaí caolúcháin agus éifeachtúlacht bhrath mhéadaithe13 mar gheall ar mhéideanna samplacha eastósctha móra agus méideanna braite. Dá bhrí sin, is féidir le cluiche foirfe Abbott do mheasúnacht SARS-COV-2 a bheith bainteach le córas braite ardáin a bhrath géinte comhcheangailte ag an am céanna, a shleamhnaíonn líon mór samplaí (0.5 ml), agus a úsáideann cuid mhór eluent (40 µL).
Léirigh ár dtorthaí freisin go raibh feidhmíocht braite na tástála géinití Daan beagnach mar an gcéanna le feidhmíocht CRS. Tá sé seo ag teacht le staidéar14 a rinneadh in Ollscoil Anhui i Huainan, an tSín, agus éileamh an déantóra ar chomhaontú dearfach 100%. In ainneoin tuairiscí ar thorthaí comhsheasmhacha, bhí sampla amháin diúltach bréagach tar éis dó an t-aon rud céanna a ath-thástáil, ach bhí sé dearfach i dtástálacha Abbott SARS-CoV-2 agus sansure Biotech NCOV-2019. Tugann sé seo le tuiscint go bhféadfadh go mbeadh éagsúlacht i dtorthaí thar chineálacha éagsúla measúnachtaí. Mar sin féin, sa staidéar a rinneadh sa tSín15, bhí toradh an-éagsúil ar thoradh na measúnachta géine Daan (p <0.05) i gcomparáid lena measúnacht tagartha sainithe saotharlainne. Mar sin féin, sa staidéar a rinneadh sa tSín15, bhí toradh an-éagsúil ar thoradh na measúnachta géine Daan (p <0.05) i gcomparáid lena measúnacht tagartha sainithe saotharlainne. Тем не менее, и иследовании, проведеном к к к к к к к в . Mar sin féin, i staidéar sa tSín15, bhí toradh anailíse Daan Gene an -éagsúil (p <0.05) óna n -anailís tagartha saotharlainne.然而, 在中国进行的研究中 在中国进行的研究中 15, 大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差异 （p <0.05）。然而 ， 在中国进行的研究中 15, 大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差 <0.05 Однако и следоntasвании ... . Mar sin féin, i staidéar sa tSín15, bhí torthaí tástála géinití Daan an -éagsúil (p <0.05) i gcomparáid lena thástáil saotharlainne tagartha.D'fhéadfadh an neamhréireacht seo a bheith mar gheall ar íogaireacht na tástála tagartha chun SARS-COV-2 a bhrath, agus d'fhéadfadh go mbeadh staidéir bhreise tábhachtach chun an chúis a chinneadh.
Ina theannta sin, rinne ár staidéar measúnú ar fheidhmíocht chomparáideach mheasúnachta BGI SARS-COV-2 le CRS, ag taispeáint comhaontú céatadáin dearfach den scoth (PPA = 97.9%), comhaontú céatadáin diúltach (NPA = 100%), agus comhaontú céatadáin foriomlán de réir inscne (OPA). ). = 98.8%). Léirigh luachanna Kappa Cohen comhaontú maith (k = 0.975). Léirigh staidéir san Ísiltír16 agus sa tSín15 torthaí comhsheasmhacha. Is éard atá i dtástáil BGI SARS-COV-2 ná tástáil braite géine amháin (ORF1A/B) ag baint úsáide as 10 µL aimpliú/braite. In ainneoin comhaontú staitistiúil maith lenár dtorthaí tagartha, chaill an anailís dhá shampla dhearfacha (1.22%) den sampla iomlán. D'fhéadfadh impleachtaí cliniciúla ollmhóra a bheith aige seo do dhinimic tarchuir ag leibhéil an othair agus an phobail.
Anailís chomparáideach eile a bhí san áireamh sa staidéar seo ná measúnacht RRT-PCR (RUO) Sansure Biotech; Ba é 96.3%an céatadán comhoiriúnach foriomlán. Socraíodh neart an chomhaontaithe freisin ag luach Kappa an Cohen, a bhí 0.925, ag léiriú comhaontú iomlán leis an CRS. Arís, tá ár dtorthaí comhionann le staidéir a rinneadh in Ollscoil Láir Theas i Changsha, sa tSín, agus ag Roinn na Saotharlainne Cliniciúla in Ospidéal Daoine Liuzhou, Liuzhou City, China17. Cé gur taifeadadh an chomhréireacht staitistiúil thuas, léirigh an tástáil chi-cearnach (tástáil MacNemar) go raibh difríocht shuntasach staitistiúil ag toradh an mheasúnaithe biteicneolaíochta sansure i gcomparáid le CRS (P <0.005). Cé gur taifeadadh an chomhréireacht staitistiúil thuas, léirigh an tástáil chi-cearnach (tástáil MacNemar) go raibh difríocht shuntasach staitistiúil ag toradh an mheasúnaithe biteicneolaíochta sansure i gcomparáid le CRS (P <0.005). . . 0,005). Cé gur taifeadadh an comhaontú maith staitistiúil thuas, léirigh an tástáil chi-cearnach (tástáil McNemar) go raibh difríocht shuntasach staitistiúil ag toradh an mheasúnaithe biteicneolaíochta sansure i gcomparáid leis an CRS (P <0.005).尽管记录了上述良好的统计一致性 ， 但卡方检验 （Macnemar 检验）） 表明 表明 表明 表明 表明 表明 表明 表明 检测的结果与 检测的结果与 检测的结果与 （（（（（（（（（（（（（（尽管 记录 了 上述 良好 统计 一致性 一致性 但 检验 检验 （（Macnemar 检验 表明 表明 ， ， ， ， ， ， ， 表明 表明 表明 . статистически значимюю разницц (p <0,005) между анализом Sansure biotech и CRS. In ainneoin an chomhaontaithe staitistiúil mhaith a luadh thuas, léirigh an tástáil chi-cearnach (tástáil McNemar) difríocht shuntasach staitistiúil (p <0.005) idir an measúnacht biteicneolaíochta sansure agus an CRS.Fuarthas go raibh sé shampla (3.66%) ina gclaonchlónna bréagacha i gcomparáid le CRS (Tábla Forlíontach 1); Tá sé seo an -tábhachtach, go háirithe mar gheall ar dhinimic tarchur an víris. Tacaíonn na sonraí thuas leis an ráta braite íseal seo15 freisin.
Sa staidéar seo, socraíodh luachanna CT do gach measúnacht agus ardán faoi seach, agus tuairiscíodh an meánluach CT is ísle sa mheasúnacht Abbott SARS-COV-2. D'fhéadfadh an toradh seo a bheith bainteach le córas tástála géiniteach comhuaineach Abbott chun SARS-COV-2 a bhrath. Dá bhrí sin, de réir Figiúr 1, bhí luachanna CT faoi bhun 20 ag 87.6% de thorthaí Abbott SARS-COV-2. Ní raibh ach líon beag torthaí samplacha (12.4%) sa raon 20-30. Níor taifeadadh luachanna CT os cionn 30. Chomh maith le húsáid Abbott as an bhformáid tástála géiniteach painéil SARS-COV-2, d'fhéadfadh an toradh seo a bheith bainteach leis an teorainn braite níos ísle (32.5 cóipeanna RNA/ml) 18, atá trí huaire níos ísle ná teorainn íochtarach 100 cóip RNA/ml. ML) 19.
Tá roinnt teorainneacha sa staidéar seo: ar an gcéad dul síos, níl modhanna caighdeánacha/tagartha againn [mar ualach víreasach nó tástálacha saotharlainne eile (LDA)] mar gheall ar easpa acmhainní. Ar an dara dul síos, ba iad na heiseamail go léir a úsáideadh sa staidéar seo ná babhtálacha nasopharyngeal, agus ní raibh na torthaí infheidhme maidir le cineálacha eiseamail eile, agus an tríú cuid, bhí méid ár samplaí beag.
Rinne an staidéar seo comparáid idir feidhmíocht ceithre thástáil RRT-PCR do SARS-COV-2 ag baint úsáide as samplaí nasopharyngeal. Bhí feidhmíocht inchomparáide beagnach inchomparáide ag na measúnachtaí braite go léir, cé is moite den mheasúnacht biteicneolaíochta sansure. Thairis sin, aithníodh an ráta dearfa íseal sa mheasúnacht biteicneolaíochta sansure i gcomparáid leis an CRS (P <0.05). Thairis sin, aithníodh an ráta dearfa íseal sa mheasúnacht biteicneolaíochta sansure i gcomparáid leis an CRS (P <0.05). Кроме тогы, т т т т ы ы ы ы ы ы Ina theannta sin, léirigh an tástáil biteicneolaíochta sansure céatadán íseal de na torthaí dearfacha i gcomparáid le CRS (P <0.05).此外, 与 与 crs 相比, biotech sansure 检测的阳性率较低 (p <0.05)。此外, 与 与 crs 相比, biotech sansure 检测的阳性率较低 (p <0.05)。 Кроме тоо т т н о о у Ina theannta sin, bhí ráta dearfa níos ísle ag an measúnacht biteicneolaíochta sansure i gcomparáid le CRS (P <0.05).Sháraigh anailís Sansure Biotech NCOV-2019 (RUO) ar PPA, NPA agus an comhaontú foriomlán 93.5% le neart Cohen Kappa de luach comhaontaithe 0.925. Mar fhocal scoir, teastaíonn tuilleadh bailíochtaithe le húsáid san Aetóip, agus ba cheart taighde breise a mheas chun meastóireacht a dhéanamh ar éilimh ó mhonaróirí aonair.
Rinneadh dearadh staidéir comparáideach ag ceithre shaoráid sláinte in Addis Ababa, in Ospidéal Eka Kotebe, in Ionad Cóireála Eaglais na Mílaoise, in Ospidéal Cuimhneacháin Zewooditu, agus i Speisialtóir Speisialtóirí Eitinne Naomh Peadar. Bailíodh na sonraí idir 1 Nollaig agus 31, 2020. Roghnaíodh na háiseanna leighis don staidéar seo bunaithe ar a líon ard cásanna agus infhaighteacht mórionaid chóireála sa chathair. Ar an gcaoi chéanna, roghnaíodh ionstraimí, lena n-áirítear ionstraimí PCR ABI 7500 agus Abbott M2000, de réir mholtaí na monaróirí imoibrí NAAT, agus roghnaíodh ceithre threalamh braite PCR don staidéar seo, mar gur úsáid an chuid is mó de na saotharlanna san Aetóip ceithre cinn ar a laghad. Tástáil Gene, Abbott SARS-COV-2, tástáil biteicneolaíochta sansure, agus tástáil BGI SARS-COV-2 a rinneadh le linn an staidéir).
Rinneadh tástáil do SARS-COV-2 ó 1 go 30 Nollaig 2020 ag baint úsáide as 3 ml de mheán iompair víreasach (VTM) (Miraclean Technology, Shenzhen, an tSín) ó dhaoine aonair atá faoi imscrúdú do COVID-19 a cuireadh chuig Ephi. Bailíodh samplaí nasopharyngeal ag bailitheoirí samplacha oilte agus cuireadh chuig Ephi iad i bpacáistí triple. Roimh aonrú aigéad núicléasaigh, sanntar uimhir aitheantais uathúil do gach sampla. Déantar eastóscadh ó gach sampla díreach tar éis dó teacht ag úsáid modhanna eastósctha láimhe agus uathoibríocha. Dá bhrí sin, i gcás eastóscadh uathoibríoch Abbott M2000, baineadh 1.3 ml (lena n -áirítear toirt marbh 0.8 ml agus toirt inlet eastósctha 0.5 ml) den sampla as gach sampla agus ritheadh ​​é trí chóras ullmhúcháin sampla Abbott DNA (Abbott Molecular Inc. Des Plaines, IL, SAM). ) Cuireadh baisc de 96 [92 sampla, dhá rialú braite agus dhá rialáil neamh-teimpléad (NTC)] san áireamh sa phróiseas foriomlán (aisghabháil agus braite) dhá bhabhta de SARS-CoV-2 (EUA) i bhfíor-am. Mianadóireacht. Ar an gcaoi chéanna, le haghaidh eastóscadh láimhe, bain úsáid as na samplaí céanna (le haghaidh eastóscadh agus fionnachtain uathoibríoch). Dá bhrí sin, le linn an phróisis, rinneadh 140 samplaí µl a aliquoted agus baineadh iad ag baint úsáide as an trealamh Mini Qiaamp víreasach (Qiagen GmbH, Hilden, an Ghearmáin) i mbaisceanna de 24 (lena n -áirítear 20 sampla, dhá rialáil mheasúnachta agus dhá NTC) thar naoi mbabhta. Méadaíodh agus braitheadh ​​Eluates a baineadh de láimh de láimh ag baint úsáide as Cycler Teirmeach ABI 7500 ag baint úsáide as measúnacht BGI SARS-COV-2, measúnacht géine Daan, agus measúnacht biteicneolaíochta sansure.
Leanann aonrú uathoibrithe agus íonú RNA Viral SARS-COV-2 an prionsabal bead maighnéadach ag baint úsáide as imoibrithe ullmhúcháin sampla Abbott DNA. Déantar díghníomhachtú samplaí agus tuaslagtha de cháithníní víreasacha ag baint úsáide as glantach ina bhfuil guanidine isothiocyanate chun an próitéin a dhiúltú agus an RNase a dhíghníomhachtú. Déantar an RNA a dheighilt ansin ón bpróitéin trí dheighilt chéim sholadach ag baint úsáide as shilice, ie an salann guanidinium agus an pH alcaileach den mhaolán lysis a chur chun cinn ceangailteach na n -aigéad núicléasach go dtí an shilice (SiO2). Cuireann an chéim sruthlaithe na próitéiní agus an smionagar atá fágtha chun tuaslagán soiléir a tháirgeadh. Tá RNA trédhearcach scoite amach ó mhicroparticles bunaithe ar shilice ag baint úsáide as réimse maighnéadach na hionstraime20,21. Ar an láimh eile, déantar aonrú láimhe agus íonú RNA leis an modh colúin casadh ag baint úsáide as lártheifneoiriú in ionad seastán maighnéadach agus scaradh microparticles ón eluent.
Rinneadh an Tástáil Braite Fíor-Ama Abbott SARS-COV-2 (Abbott Molecular, Inc.) de réir threoracha an déantóra, a fuair EUA19,22 ón WHO agus FDA. Sa phrótacal seo, rinneadh díghníomhachtú sampla roimh an eastóscadh i ndabhach uisce ag 56 ° C ar feadh 30 nóiméad. Tar éis díghníomhachtú víreas, rinneadh eastóscadh aigéid núicléasaigh ar ionstraim Abbott M2000 SP ó 0.5 ml VTM ag baint úsáide as córas ullmhúcháin sampla DNA Abbott M2000. Dar leis an déantúsóir. Rinneadh aimpliú agus braite ag baint úsáide as ionstraim Abbott M2000 RT-PCR, agus rinneadh dé-bhrath do na géinte RDRP agus N. Rox) agus VIC P (dath dílsithe) chun rialuithe inmheánacha a dhíriú agus a bhrath, rud a cheadaíonn an dá tháirge aimplithe a bhrath go comhuaineach 19.
Tá an modh braite aimplithe den trealamh seo bunaithe ar theicneolaíocht RT-PCR aonchéime. Roghnaíodh na géinte ORF1A/B agus N mar réigiúin chaomhnaithe ag Daan Gene Technology chun aimpliú sprioc -réigiúin a bhrath. Dearadh primers sonracha agus tóireadóirí fluaraiseacha (tóireadóirí géine n lipéadaithe le FAM, ORF1A/B a bhfuil lipéad orthu le VIC) chun RNA SARS-COV-2 a bhrath i samplaí. Ullmhaíodh na meascán deiridh agus máistir -mheascáin trí 5 µL de eluent a chur go 20 µl den mháistir -mheascán go dtí toirt deiridh de 25 µl. Rinneadh aimpliú agus braite go comhuaineach ar ionstraim PCR fíor-ama ABI 750024.
Braitheadh ​​na géinte ORF1A/B agus N ag baint úsáide as trealamh diagnóiseach aigéid núicléasaigh sansure Biotech NCOV-2019 (braite fluaraiseacha PCR). Ullmhaigh tóireadóirí sonracha do gach géine sprice tríd an gcainéal FAM a roghnú don réigiún ORF1A/B agus an cainéal Rox don ghéin N. Leis an bpacáiste measúnachta seo, cuirtear imoibrithe eluent agus máistir -mheascán leis seo a leanas: Ullmhaigh 30 µl Master Measc Reagent agus sampla 20 µL a ídítear le haghaidh braite/aimplithe. Baineadh úsáid as PCR ABI 750025 fíor-ama le haghaidh aimpliú/braite.
Is é atá i dtástáil BGI SARS-COV-2 ná trealamh RRT-PCR fíor-ama fluaraiseach chun diagnóis a dhéanamh ar COVID-19. Tá an sprioc-réigiún suite i réigiún ORF1A/B den ghéanóm SARS-COV-2, ar modh braite géine amháin é. Ina theannta sin, is géine sprice a rialaítear go hinmheánach é an ghéin tís β-actin. Ullmhaítear an máistir -mheascán trí 20 µL den imoibrí máistir -mheasctha a mheascadh agus 10 µL den sampla RNA a bhaintear i bpláta tobair26. Baineadh úsáid as ionstraim PCR fíor-ama fluaraiseacha ABI 7500 chun aimpliú agus a bhrath. Rinneadh gach aimpliú aigéad núicléasaigh, coinníollacha PCR do gach measúnacht, agus léirmhíniú na dtorthaí de réir threoracha an déantóra faoi seach (Tábla 3).
San anailís chomparáideach seo, níor úsáid muid an modh caighdeánach tagartha chun comhaontú faoin gcéad (dearfach, diúltach, agus foriomlán) agus paraiméadair chomparáide eile a chinneadh do na ceithre anailís. Rinneadh gach comparáid tástála le CRS, sa staidéar seo leag an riail “aon dearfach” an CRS agus socraíodh an toradh, ní trí thástáil amháin, d'úsáid muid dhá thorthaí tástála comhoiriúnaithe ar a laghad. Ina theannta sin, i gcás tarchur COVID-19, tá torthaí diúltacha bréagacha níos contúirtí ná torthaí dearfacha bréagacha. Dá bhrí sin, a rá “dearfach” chomh cruinn agus is féidir ó thoradh CRS, caithfidh dhá thástáil mheasúnachta ar a laghad a bheith dearfach, rud a chiallaíonn gur dócha go dtiocfaidh toradh dearfach amháin ar a laghad ó mheasúnacht EUA. Dá bhrí sin, as ceithre thoradh tástála, meastar go bhfuil dhá thorthaí tástála nó níos mó a thugann an toradh céanna fíor -dhearfach nó diúltach18,27.
Bailíodh sonraí ag baint úsáide as foirmeacha eastósctha sonraí struchtúrtha, rinneadh iontráil agus anailís sonraí ag baint úsáide as bogearraí staitistiúla Excel agus leagan SPSS 23.0 le haghaidh staitisticí tuairisciúla. Rinneadh anailís ar chomhaontú dearfach, diúltach agus foriomlán faoin gcéad, agus baineadh úsáid as scór kappa chun méid comhaontaithe gach modh le CRS a chinneadh. Seo a leanas luachanna Kappa mar seo a leanas: 0.01 go 0.20 do chomhaontú éadrom, 0.21 go 0.40 do chomhaontú ginearálta, 0.41-0.60 do chomhaontú measartha, 0.61-0.80 do mhórchomhaontú agus 0.81-0.99 le haghaidh comhaontú iomlán28.
Fuarthas imréiteach eiticiúil ó Ollscoil Addis Ababa agus d'fhaomh Bord Athbhreithnithe Eitice Eolaíochta na hInstitiúide Poiblí na hAetóipe gach prótacal turgnamhach don staidéar seo. Is é Ephi/IRB-279-2020 an uimhir thagartha don cheadúnas eitice Ephi. Cuireadh na modhanna go léir i bhfeidhm de réir mholtaí agus forálacha na dtreoirlínte cuimsitheacha náisiúnta san Aetóip maidir le cóireáil COVID-19. Ina theannta sin, fuarthas toiliú feasach i scríbhinn ó gach rannpháirtí staidéir roimh rannpháirtíocht sa staidéar.
Tá na sonraí go léir a fhaightear nó a ndearnadh anailís orthu sa staidéar seo san áireamh san alt foilsithe seo. Tá sonraí a thacaíonn le torthaí an staidéir seo ar fáil ón údar faoi seach ar iarratas réasúnach.
An Eagraíocht Dhomhanda Sláinte. Moltaí maidir le Straitéisí Tástála Saotharlainne do COVID-19: Treoir Eatramhach, 21 Márta, 2020 Uimh. WHO/2019-NCOV/LAB_TESTING/2020.1 (WHO, 2020).
Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, Ki Covid-19 Diagnóis Chliste sa Roinn Éigeandála: All-In i gcleachtas. Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, Ki Covid-19 Diagnóis Chliste sa Roinn Éigeandála: All-In i gcleachtas.Muliou, DS, Pantazopoulos, I. agus Gurgulianis, diagnóis Chliste Ki COVID-19 sa roinn éigeandála: gach rud i gcleachtas.Muliou DS, Pantazopoulos I. agus Gurgulyanis Ki Diagnóis Chliste COVID-19 i ranna éigeandála: comhtháthú ó cheann go ceann i gcleachtas. An tArd -Urramach Saineolaí. cógas. 3, 263–272 (2022).
Mitchell, SL & St George, K. Measúnú ar an measúchán COVID19 ID anois. Mitchell, SL & St George, K. Measúnú ar an measúchán COVID19 ID anois.Mitchell, SL agus St. George, K. Meastóireacht ar mheasúnacht COVID19 ID anois.Mitchell SL agus St. George K. Meastóireacht ar mheasúnacht COVID19 ID anois. J. Cliniciúil. Víreas. 128, 104429. Https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104429 (2020).
EDS. Brath saotharlainne ar ghalar corónach 2019 (COVID-19) i ngalar amhrasta daonna. https://www.who.int/publications/i/item/10665-331501 (rochtain ar 15 Lúnasa 2020) (WHO, 2020).
Udugama, B. et al. Diagnóis COVID-19: Galair agus Uirlisí Tástála. ACS Nano 14 (4), 3822–3835 (2020).
Syed S. et al. Bunú Choláiste na bPaiteolaithe Oirthear, Lár agus Deisceart na hAfraice - Scoil Réigiúnach na Paiteolaíochta sa Mheánoirthear agus san Afraic Theas. An Afraic. J. Lab. cógas. 9 (1), 1-8 (2020).
Institiúid Sláinte Poiblí na hAetóipe, Aireacht Sláinte Chónaidhme. Straitéis Náisiúnta Eatramhach agus treoir maidir le diagnóis saotharlainne COVID-19. https://ephi.gov.et/images/novel_coronavirus/ephi_pheoc_covid-19_laboratory_diagnosis_eng.pdf (rochtain 12 Lúnasa 2020) (Ephi, 2020).
Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, mar thástálacha diúltacha bréagacha do dhúshláin agus impleachtaí ionfhabhtaithe SARS-COV-2. Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, mar thástálacha diúltacha bréagacha do dhúshláin agus impleachtaí ionfhabhtaithe SARS-COV-2.Voloshin S., Patel N. agus Kesselheim mar thástálacha bréagacha diúltacha le haghaidh ionfhabhtuithe SARS-COV-2 agus a n-iarmhairtí.Voloshin S., Patel N. agus Kesselheim mar thástálacha bréagacha diúltacha le haghaidh briogadh agus tionchar ionfhabhtaithe SARS-COV-2. N. Eng. J. Leigheas. 383 (6), E38 (2020).
Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI bréagach dearfach agus bréagach-diúltach-19 Cásanna: Straitéisí um Chosc agus Bainistíocht Riospráide, Vacsaíniú, agus Peirspictíochtaí breise. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI bréagach dearfach agus bréagach-diúltach-19 Cásanna: Straitéisí um Chosc agus Bainistíocht Riospráide, Vacsaíniú, agus Peirspictíochtaí breise. Mouliou, DS & Gourgoulianis, Ki ложнопололололжелье и жжнотрицателье слчаи Covid-19: респираторная проока FÉR . Mouliou, DS & Gourgoulianis, Ki Cásanna Diúltacha Dearfacha agus Bréagacha Diúltacha de COVID-19: Straitéisí um Chosc agus Cóireáil Riospráide, Vacsaíniú agus an Bealach ar Aghaidh.Muliu, DS agus Gurgulianis, cásanna bréagacha dearfacha agus bréagacha-diúltacha de COVID-19: straitéisí le haghaidh cosc ​​agus cóireáil riospráide, vacsaíniú agus an bealach chun tosaigh. An tArd -Urramach Saineolaí. cógas. 15 (8), 993–1002 (2021).
Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Covid-19 diagnóis sa roinn éigeandála: an crann a fheiceáil ach an fhoraois a chailliúint. Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Covid-19 diagnóis sa roinn éigeandála: an crann a fheiceáil ach an fhoraois a chailliúint.Mouliou, DS, Ioannis, P. agus Konstantinos, G. Covid-19 Diagnóis sa Roinn Éigeandála: Féach an Crann, Caill an Foraois.Muliou DS, Ioannis P., agus Konstantinos G. Covid-19 diagnóis i seomraí éigeandála: Ní leor foraoise do na crainn. Le feiceáil. cógas. J. https://doi.org/10.1136/emermed-2021-212219 (2022).
Degli-Angeli, E. et al. Bailíochtú agus bailíochtú feidhmíocht anailíseach agus chliniciúil mheasúnacht Abbott Realtime SARS-COV-2. J. Cliniciúil. Víreas. 129, 104474. Https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104474 (2020).
Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Nneestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Comparáid idir cúig shraith primer ó réigiún géanóm éagsúil COVID-19 chun ionfhabhtú víreas a bhrath ag gnáth-RT-PCR. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Nneestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Comparáid idir cúig shraith primer ó réigiúin ghéanóm éagsúla COVID-19 chun ionfhabhtú víreas a bhrath trí ghnáth-RT-PCR.Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Nneestanaki, D., Fazlalipour, M. agus Aflatunyan, B. Comparáid idir cúig shraith de phríomhairí ó réigiúin éagsúla den ghéanóm COVID-19 chun ionfhabhtú víreasach a bhrath trí ghnáth-RT-PCR. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Nneestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. 比较来自 Covid-19 不同基因组区域的五个引物组 ， 用于通过常规 RT-PCR 检测病毒感染。 Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Nneestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Comparáid idir 5 réigiún géiniteacha éagsúla de COVID-19 chun ionfhabhtú víreasach a bhrath trí ghnáth-RT-PCR.Mollaei HR, Afshar AA, Kalantar-Nneestanaki D, Fazlalipour M. agus Aflatunyan B. Comparáid idir cúig shraith de phríomhairí ó réigiúin éagsúla den ghéanóm COVID-19 chun ionfhabhtú víreasach a bhrath trí ghnáth-RT-PCR.An Iaráin. J. Micribhitheolaíocht. 12 (3), 185 (2020).
Goertzer, I. et al. Réamhthorthaí an Chláir Náisiúnta um Measúnú Cáilíochta Seachtrach chun seichimh ghéanóm SARS-COV-2 a bhrath. J. Cliniciúil. Víreas. 129, 104537. Https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104537 (2020).
Wang, M. et al. Meastóireacht anailíseach ar éifeachtúlacht cúig fheiste RT-PCR le haghaidh siondróm riospráide géarmhíochaine coróinéara 2. J. Clinical. Saotharlann. anas. 35 (1), E23643 (2021).
Wang B. et al. Meastóireacht ar sheacht trealamh braite RNA SARS-COV-2 atá ar fáil ar bhonn tráchtála sa tSín bunaithe ar imoibriú slabhrúil polaiméaráise fíor-ama (PCR). cliniciúil. Ceimiceach. Saotharlann. cógas. 58 (9), E149 - E153 (2020).
Van Casteren, Pb et al. Comparáid idir seacht gcinn de threalamh diagnóiseach RT-PCR COVID-19. J. Cliniciúil. Víreas. 128, 104412 (2020).
Lu, Yu, et al. Comparáid idir feidhmíocht dhiagnóiseach dhá fheiste PCR chun aigéid núicléasacha SARS-COV-2 a bhrath. J. Cliniciúil. Saotharlann. anas. 34 (10), E23554 (2020).
Lefart, PR, etc. Léirigh staidéar comparáideach ar cheithre ardán tástála aimplithe aigéid núicléasaigh SARS-COV-2 (NAAT) go raibh díghrádú suntasach ar fheidhmíocht ID anois ag brath ar chineál othar agus sampla. diagnóis. Micribhitheolaíocht. Ionfhabhtú. cis. 99 (1), 115200 (2021).
Móilín Abbott. Cuir isteach pacáiste anailíse fíor-ama ABBOTT SARS-COV-2. https://www.molecular. 1-12. (Amhail an 10 Lúnasa, 2020) (2020).
Klein, S. et al. Leithlisiú RNA SARS-COV-2 ag baint úsáide as coirníní maighnéadacha le haghaidh braite tapa ar scála mór ag RT-QPCR agus RT-Lamp. Víreas 12 (8), 863 (2020).